Het Natuurhistorisch wordt geëxploiteerd door de Stichting Natuurhistorisch Museum Rotterdam die een fijne subsidierelatie heeft met de gemeente Rotterdam. De organisatie is klein en heeft twee hoofdafdelingen, het museum (dat tentoonstellingen organiseert, publiek ontvangt en de collectie beheert) en het ecologisch adviesbureau Bureau Stadsnatuur, dat de flora en fauna van Rotterdam in kaart brengt en commercieel, in opdracht van derden, (stads)ecologisch onderzoek uitvoert.